Colecţia a fost fondată la începutul anilor 1970 de către profesorul universitar Ferenc Pozsony. Din 1974 a fost depozitată într-o casă ţărănească, construită la începutul secolului 20. În deceniul următor colecţia s-a dezvoltat şi cu obiecte din diferite zone etnografice ale Ardealului şi Moldovei. În prezent deţine colecţii de valoare cuprinzând mobilier, ceramică, textile, port popular şi unelte legate de ceangăi, secui, români, saşi şi romi.
În anul 1993 a fost organizată prima expoziţie intitulată: Arta tradiţională din Zăbala, iar în 2003 a fost deschisă prima expoziţie permanentă, Cultura tradiţională a ceangăilor din Moldova. După aceea colecţia treptat a fost inventariată, descrisă şi digitalizată de către studenţii de la secţia de etnologie a Universităţii Babeş-Bolyai din Cluj-Napoca. În anul 2004 a fost constituită Asociaţia Pro Museum Zăbala, astăzi proprietarul colecţiilor şi imobilelor.
Din anul 2005 muzeul a devenit o secţie externă a Muzeului Naţional Secuiesc din Sfântu Gheorghe, judeţul Covasna. Din anul 2007 a fost demarată integrarea colecţiei în circuitul naţional muzeal din România şi acreditarea ei. Instituţia este susţinută de Consiliul Local al Comunei Zăbala, de Consiliul Judeţean Covasna, cât şi de diferite fundaţii culturale.