Primul muzeu din Baraolt a fost fondat de Gáspár Kászoni din colecţia proprie în anii 1970, pe baza cercetărilor efectuate în mai multe decenii. Colecţia donată oraşului Baraolt a devenit prima colecţie publică cu numele Muzeul Baraolt în anul 1979 ca secţie externă a Muzeului Judeţean (acum Muzeul Naţional Secuiesc). Din diferite motive muzeul a fost închis în 1984, iar colecţiile în stare precară au fost salvate în depozitele Muzeului Naţional Secuiesc abia în 1990.
Asociaţia Culturală „Gaál Mózes” din Baraolt în anul 2000 a iniţiat din nou deschiderea muzeului. Conform unui contract semnat de trei părţi Asociaţia cu finanţarea obţinută din Ungaria a şi cumpărat o clădire pentru sediul viitorului muzeu, Consiliul Judeţean Covasna a achiziţionat terenul pentru Muzeului Naţional Secuiesc, iar muzeul judeţean la rândul lui acceptat să asigure personal specializat pentru instituţia muzeală.
În prezent secţia externă Muzeul Depresiunii Baraolt găzduieşte o colecţie mixtă, alcătuită din obiecte etnografice (port popular diferenţiat în funcţie de grupările etnice din zonă), arheologice, istorice (privind evoluţia breslelor, îndeletnicirile locuitorilor din Baraolt) şi de ştiinţele naturii. Cel mai de seamă obiect este un schelet de Mastodon Anancus Arvernensis, descoperit în iunie 2008, în cariera de exploatare a lignitului la Racoşul de Sus, dar colecţiile se îmbogăţesc cu obiecte etnografice şi istorice prin donaţii şi achiziţii.